В 1939 году храм был закрыт. Первое богослужение состоялось на Пасху, 30 апреля 1989 года. До этого здесь были производственные помещения. Иконы и роспись полностью утрачены. Лишь один образ приходское предание традиционно связывает с дореволюционным убранством храма. Это появившаяся одной из первых после открытия, весьма почитаемая круглая икона святителя Николая. Она написана в XIX веке на металле и находится в Никольском приделе.
Небольшая икона Святой Троицы у главного алтаря – произведение конца XVII века. К этому времени художественная атмосфера на Руси меняется, особенно с присоединением западнорусских земель. В Москве расцветает барокко, тябловые иконостасы уступают место резным, в русскую иконопись из Литвы проникает реалистичная манера, находящая немало ценителей при дворе. Известно, что в это время в Хорошеве работали иконописцы Оружейной палаты, стоявшие в авангарде новых веяний. Ныне с иконы удалены большие загрязнения и запись. Исследования относительно ее происхождения продолжаются.
По другую сторону царских врат, на аналое – Феодоровская икона Божией Матери начала XIX века, в чеканной ризе. Перед этой иконой еженедельно совершается акафист и к ней с молитвой приходят будущие матери. Появившаяся в храме сравнительно недавно, она стала неотъемлемой частью убранства
Свидетельница торжеств по случаю 400-летия храма, состоявшихся 5 июля 1998 года, Казанская икона Пресвятой Богородицы — дар Святейшего Патриарха Алексия II. Икона с дарственной надписью хранится в алтаре.
В массивных настолпных киотах в трапезной части помещены образы, без которых немыслим православный храм. Оплечное изображение Спаса Вседержителя – список со знаменитой кремлевской иконы XIV века. В древней традиции выполнены «Богоматерь Одигитрия», иконы святых Архангелов и равноангельного человека Иоанна Предтечи. «Собор святых апостолов» — справа от Вседержителя. В настенных киотах, за столпами, лики святителей: Стефана Пермского, Димитрия Ростовского и преподобных: Сергия Радонежского и Серафима Саровского. На северной стене Георгий Победоносец, целитель Пантелеимон и святой Трифон представляют лик мучеников. Напротив них первые русские святые: благоверные князья – страстотерпцы Борис и Глеб. Святой Борис – небесный покровитель строителя храма и в честь этих святых изначально был освящен один из приделов храма. Еще один придел носил имя святого великомученика Федора Стратилата – небесного покровителя царя Феодора Иоанновича.
Летопись свидетельствует, что храм был возведен при царе Федоре Иоанновиче, по челобитию боярина Бориса Феодоровича Годунова, в его селе. Хорошево до этого, в 1694 году, было пожаловано царем своему шурину и фактическому соправителю государства, который по его кончине был избран на российский престол Земским Собором 17 февраля 1698 года. Лето этого года историки признают временем освящения храма, ссылаясь на точно датированные богослужебные сосуды (потир и дискос), вложенные сюда его сыном, царевичем Феодором. Местонахождение сосудов сейчас неизвестно. Изображение Бориса Феодоровича можно видеть на западной стене, он склоняется пред престолом Царицы Небесной, посвящая храм Святой Троице. (168 ― 170) Известно, что царь очень любил свое имение и проводил здесь немало времени. Оставив в тени различные стороны деятельности этой исторической фигуры, стоит отметить его вклад в становление Русской Церкви, связанный с учреждением Патриаршества (1589 г). Еще при царе Феодоре этому предшествовала сложнейшая дипломатическая миссия, принятая на свои плечи Годуновым.
Первые цари из рода Романовых всячески сторонились имени Годунова, связывая с ним бедствия, постигшие Россию. Вместе с тем представители новой династии всегда помнили, что их предки были в немилости и сильно пострадали в его правление. С их воцарением, например, была замазана гигантская надпись на колокольне Ивана Великого, долго сохранявшей народное название «Годунов столп». Тем не менее, Хорошево, меняя хозяев из числа ближайших царских родственников, регулярно посещалось государями. Царь Алексей Михайлович неоднократно останавливался здесь по дороге в горячо любимый им Звенигородский Саввино-Сторожевский монастырь. Разоренный в смутное время, храм был переосвящен, убранство обновили. В крошечном Никольском приделе царь несколько лет подряд посещал зимний престольный праздник, приезжая ко всенощной. Известно, что санный путь царского поезда из Кремля занимал всего час. Этот придел при нем постоянно украшался. Он же был единственной теплой частью храма: в углу паперти, на уровне нынешних столпов, топилась изразцовая печь. Надо сказать, что с середины XVII века все храмы, целиком или частично, уже делятся на зимние (теплые) и летние. До этого они практически не отапливались, включая огромные кремлевские соборы. Остывая за зиму, каменные стены сохраняли прохладу и летом. Источником тепла служило дыхание и в большом количестве горящие свечи. Самой праздничной одеждой была шуба.
