В последующие века село постепенно теряло свое значение. В 1812 году храм был вновь разорен. Постоянные обновления меняли интерьер. Угроза оползня одно время стала настолько реальной, что рассматривалось предложение построить новое здание и перенести туда престолы и убранство. Это также роднит Троицкий храм с Архангельским собором, который едва не рухнул с холма при постройке очередного кремлевского дворца.
После большой реконструкции 1854 года по проекту архитектора В. Дрегалова храм имел, помимо главного, три придела, два из них — Никольский и Ильинский — находились в новой, отапливаемой трапезной части. Остальные помещения были отделены стеной и открывались только летом. Южный придел Феодора Стратилата в силу своей изолированности, судя по описям, сохранял не только первоначальное посвящение, но и древний иконостас. В основном же убранство было поздним.
Сегодня в напольных киотах находятся храмовые иконы приделов: святитель Николай и святой пророк Божий Илия. На сводах над ними также изображения этих святых: фигура Николы, окруженная событиями его жития, и огненное восхождение Илии, которое, как и другие чудеса пророка, описывает Библия в Третьей книге Царств. Росписи сводов, включающие в себя различные сюжеты Священной истории и многочисленные образы святых, выполнены в 1990-е годы художником-монументалистом П. Аносовым. Северо-западную часть трапезной расписал до этого некий отец Георгий из Франции.
Место древнего Распятия архитектурно выделено повышенным сводом. Напротив него – большая икона святых новомучеников и исповедников Российских. Под изображением Богоматери, именуемым «Державная», сонм святых, возглавляемых царем-страстотерпцем, предстоит кресту с решимостью принять мученический венец — страдания и смерть за Христа. Симметрично этой иконе в другой части храма расположен образ «Всех Святых во славе Господней». Девять икон, включая настолпные и пророка Илии, написаны И.Чангой (2003-2007 г). Резные киоты сделаны в Сергиевом Посаде мастерской С. Шахова по проекту архитектора А. Винникова, отделаны и расписаны диаконом Константином Степановым и И.Чангой.
Утратив за годы закрытия свое историческое убранство, сегодня храм вмещает все же немалое собрание икон старинного письма, в основном XVIII – XIX вв. Поскольку приход не имеет возможности закупать предметы старины, все это – вклады, то есть безвозмездные пожертвования на помин души. Поступая в храм зачастую в плачевном состоянии, иконы тщательно атрибутируются и реставрируются, со временем занимая свое место в интерьере либо в ризнице, из которой выносятся для поклонения в соответствующие дни церковного года.
Следует отметить две большие иконы XIX века в массивных ризах — «Спас на Престоле» и «Богоматерь Казанская». Они были частью иконостасов неизвестных церквей. Их можно видеть на правой стене храма.
Большую группу составляют старинные списки с прославленных чудотворных икон: «Богоматерь Тихвинская» XVIII века снабжена надписью: «Мерою и подобием против самого Ея чудотворного образа». Под изображением «Богоматери Толгской» XIX века золотом нанесен текст, повествующий о явлении чудотворной иконы. Она помещена в киот над левым клиросом.
Ростовая икона преподобного Сергия собирает вокруг себя учащих и учащихся. Образ, окованный чистым золотом и бывший некогда крышкой раки его святых мощей, хранится в ризнице Троице-Сергиевой Лавры. Список с него был выполнен в XIX веке в лаврской иконописной мастерской, как и небольшая икона «Явление Богоматери Преподобному», лежащая рядом на аналое. Четыре чугунные ручки с тыльной стороны огромной доски говорят о том, что икона преподобного Сергия была выносной и участвовала в крестных ходах.
Небольшая икона XVIII века «Богоматерь Руднинская» в серебряной ризе хранится в алтаре. Сам образ прославился в Киеве, но с ним связаны храм и чудотворный источник в соседнем селе Крылатском, находящемся на другом берегу реки Москвы.
На стене в Никольском пределе находится список с чтимой иконы, именуемой «Курская Коренная». На ней Богоматерь окружена пророками со свитками богородичных пророчеств. После революции знаменитая икона попала за границу, где стала главной святыней Русской Зарубежной Церкви. Список с нее из нашего храма — выдающееся по своим художественным качествам произведение уральских иконописцев XVIII века, как и две иконы на той же стене: «Спас Смоленский с предстоящими» и «Избранные святые».
В один киот помещены четыре иконы. Среди них довольно редкое изображение Семи отроков Эфесских, по Божию Промыслу проспавших сто лет. Как и поясная икона Николая Чудотворца в напольном киоте, они вышли из старообрядческих иконописных центров XIX века, верных иконописным традициям XVI века. К этой же группе стоит отнести и необыкновенно красивый образ cвятителя Стефана Пермского.
Две небольшие иконы, висящие рядом в Никольском пределе, объединяют покровителей православной семьи — мучеников Гурия, Самона и Авива и святых благоверных Петра и Февронию Муромских.
У иконы святого великомученика и целителя Пантелеимона собираются для молитвы сестры милосердия, избравшие его своим покровителем. Этот образ, как и икона Богоматери «Достойно есть» из алтаря Ильинского придела, созданы на Святой горе Афон. Русский Свято-Пантелеимонов монастырь имел весьма развитые иконописные мастерские и вплоть до революции поставлял в Россию работы своих мастеров. Такие иконы отличают стандартные доски, своеобразное письмо и всегда – «афонский сюжет».
Среди других чтимых икон Богоматери — «Грузинская», «Троеручица» из Ильинского алтаря и довольно редкая «Шуйская-Смоленская» (XIX век). Здесь чередуются иконы старые и новые, в окладах и без них, искусной работы и простого письма. В Хорошеве хорошо — уютный интерьер оставляет живое и вместе с тем цельное впечатление, в немалой степени этому способствуют росписи. Декор не перегружен элементами позднейших стилей, будь то барокко, классицизм или другие. Современными мастерами творчески осмыслена древнерусская традиция.
Здание Дома причта, заложенное еще Патриархом Алексием II, построено в 2009 году по проекту архитектора Е.Гуровой. Его объем органично вписался окружающее храм пространство. Дом причта вмещает в себя крестильный храм Иоанна Предтечи, церковную лавку, трапезную, жилые и хозяйственные помещения. Художественные работы в крестильном храме продолжаются.
